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      摘要: 測量距離 在Pymol中實現兩個原子間的空間距離測量 一、 以PDB:4hbk為例,打開PyMOL運行命令載入蛋白(也可以直接 .pdb格式導入) 二、點擊菜單欄中的Wizard->Measurement 就可以進行距離測量。然后分別選擇兩個2個原子就可以顯示這2個原子的距離。 比如我們想測定TYR 閱讀全文
      posted @ 2024-07-18 10:18 皮蛋筆記 閱讀(2010) 評論(0) 推薦(0)
      摘要: 大家好,今天分享一款軟件,即可以計算化合物理論同位素分布的軟件Isopro 3.0。在做質譜的實驗時,特別對合成的化合物進行質量表征時,往往要求ppm絕對值在5以內,對質譜的分辨率要求很高。對于小分子而言Chemdraw能夠滿足計算需求,但是對于多肽合成的朋友而言,用Chemdraw計算ppm其實是 閱讀全文
      posted @ 2024-06-30 17:16 皮蛋筆記 閱讀(810) 評論(0) 推薦(0)
      摘要: 上篇筆記分享了使用R語言進行GO分析的機械化操作,本篇內容將會分享如何用R語言作通路分析。 緊接上篇筆記內容,作KEGG富集分析用的文件是id.txt文件,即基因ID文件。 1.安裝以下所需要的包 install.packages("colorspace") ##安裝所需要的包 install.pa 閱讀全文
      posted @ 2024-06-14 16:22 皮蛋筆記 閱讀(3696) 評論(0) 推薦(0)
      摘要: GO分析 基因本體論(Gene Ontology, GO)是一個用于描述基因和基因產品屬性的標準術語體系。它提供了一個有組織的方式來表示基因在生物體內的各種角色?;虮倔w論通常從三個層面對基因進行描述:細胞成分(Cellular Component,CC)、生物學過程(Biological Proc 閱讀全文
      posted @ 2024-06-12 11:12 皮蛋筆記 閱讀(2223) 評論(0) 推薦(0)
      摘要: 眾所周知,在完成蛋白組學組間差異蛋白篩選后,往往要做GO與KEGG功能富集分析,這就需要我們首先將蛋白名轉換為基因名,或者找出基因ID。將蛋白名轉化為基因名可能涉及不同的轉換工具或數據庫,這里有幾種常見的方法: ①UniProt數據庫:UniProt數據庫提供了蛋白和其對應基因的關聯信息??梢酝ㄟ^查 閱讀全文
      posted @ 2024-05-29 21:13 皮蛋筆記 閱讀(927) 評論(0) 推薦(0)
      摘要: 1.前言 MaxQuant是一款免費的蛋白質組學軟件包,由馬克斯-普朗克生物化學研究所開發(fā)。它內置了自己的搜索引擎Andromeda,可以支持目前主流的蛋白質組學質譜儀廠商產生的原始數據格式。MaxQuant支持標記定量和非標定量,2.0版本后的MaxQuant還支持DIA的數據分析。MaxQuan 閱讀全文
      posted @ 2024-05-29 13:07 皮蛋筆記 閱讀(1212) 評論(0) 推薦(0)
      摘要: Linux基礎命令 閱讀全文
      posted @ 2019-08-09 11:35 皮蛋筆記 閱讀(210) 評論(0) 推薦(0)
      摘要: Mysql數據庫,在主機環(huán)境導出導入數據 閱讀全文
      posted @ 2019-08-09 11:21 皮蛋筆記 閱讀(178) 評論(0) 推薦(0)
      摘要: redis在windows和Linux系統下的下載、安裝、配置 閱讀全文
      posted @ 2019-04-12 23:26 皮蛋筆記 閱讀(1349) 評論(0) 推薦(0)
      摘要: Linux系統下zookeeper的安裝和配置 閱讀全文
      posted @ 2019-04-10 23:17 皮蛋筆記 閱讀(304) 評論(0) 推薦(0)
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