1.前言

       MaxQuant是一款免費(fèi)的蛋白質(zhì)組學(xué)軟件包，由馬克斯-普朗克生物化學(xué)研究所開發(fā)。它內(nèi)置了自己的搜索引擎Andromeda，可以支持目前主流的蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜儀廠商產(chǎn)生的原始數(shù)據(jù)格式。MaxQuant支持標(biāo)記定量和非標(biāo)定量，2.0版本后的MaxQuant還支持DIA的數(shù)據(jù)分析。MaxQuant具備非線性質(zhì)量校正和Match Between Runs功能，可以增加蛋白鑒定數(shù)量和提高定量準(zhǔn)確性。下面我們主要以非標(biāo)定量蛋白質(zhì)組學(xué)（LFQ）數(shù)據(jù)為例，向大家演示MaxQuant數(shù)據(jù)庫檢索的過程。

2. MaxQuant下載安裝

官網(wǎng)：MaxQuant

https://www.maxquant.org/

MaxQuant下載需要用郵箱注冊(cè)，并填寫注冊(cè)碼。

該軟件依賴.NET Framework（基于.net框架編寫，有些沒安裝的電腦需要安裝）

解壓后無需安裝，點(diǎn)擊MaxQuant.exe即可使用。

3．操作步驟

3.1上傳LC-MS數(shù)據(jù)即raw data

3.2 上傳數(shù)據(jù)

點(diǎn)擊load上傳數(shù)據(jù)，選擇數(shù)據(jù)所在文件夾，選中LC-MS數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊 No fraction 設(shè)置實(shí)驗(yàn)序號(hào)，進(jìn)行下一步

 3.3 參數(shù)設(shè)置

設(shè)置蛋白質(zhì)是否有修飾，常規(guī)無標(biāo)定量蛋白組學(xué)一般不需要修改，直接默認(rèn)參數(shù)就可以

3.4 酶切參數(shù)設(shè)置

樣品在處理時(shí)，一般用什么酶做酶切就選擇什么酶

 3.5 修改為LFQ

 此外，instrument項(xiàng)中可將Main search peptide tolerate改為10（ppm）

3.6 添加所物種的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫

 3.7 物種蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫在uniport上下載

（在本例中以大鼠（Rat）為例）

 3.8 上傳物種蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫

數(shù)據(jù)庫是隨時(shí)可能更新的，所以時(shí)隔一段時(shí)間后所搜得到的結(jié)果可能會(huì)不一樣，屬于正?，F(xiàn)象

3.9 線程數(shù)根據(jù)所用電腦的處理器配置進(jìn)行設(shè)置

　　點(diǎn)擊開始按鈕即可開始搜庫，等待搜庫完成

 3.10 得到搜庫結(jié)果——proteinGroups文件

注：原創(chuàng)文章在公眾號(hào)：皮蛋筆記，歡迎關(guān)注留言交流。