yangyzh

由于要是用python 3.6版本的一個包sonicparanoid，但是系統(tǒng)的gcc比較老，所以先用conda創(chuàng)建python環(huán)境，在該環(huán)境下盡心gcc的安裝和升級

conda create --name py3.6 python=3.6

source activate py3.6

conda install pip setuptools cython sh numpy pandas biopython cmake

conda install gcc libgcc 然后會提示庫錯誤，需要重新連接。

首先 rm anaconda2/envs/py3.6/lib/libstdc++.so.6  然后 ln -s anaconda2/envs/py3.6/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/libstdc++.so.6 . 同時修改環(huán)境變量  export LD_LIBRARY_PATH=/lustre/home/luzhiqiang/anaconda2/envs/py3.6/lib:$LD_LIBRARY_PATH

隨后

pip install sonicparanoid

最后進入anaconda2/envs/py3.6/lib/python3.6/site-packages/sonicparanoid對mmseqs2進行編譯

cd mmseqs2_src

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/anaconda2/envs/py3.6/lib/python3.6/site-packages/sonicparanoid/mmseqs2_src-build ..

make -j 10

make install

cd ../bin

ln -s ../mmseqs2_src-build/bin/mmseqs .

完成安裝~~