DeepSeek 是一個開源的生物信息學工具，主要用于分析高通量測序（HTS）數據。為了在 Linux 系統上本地部署 DeepSeek，你需要按照以下步驟操作，從環境準備到工具安裝和運行。

1. 環境準備

1.1 確認系統要求

• 操作系統：DeepSeek 通常在基于 Linux 的系統（如 Ubuntu、CentOS、Debian）上運行。
• Python環境：DeepSeek 需要 Python 環境支持，推薦使用 Python 3.7 或更新版本。
• 內存和存儲：
  • 內存：至少 16GB，處理大規模數據時建議更高。
  • 存儲：至少 100GB 的磁盤空間（視數據量而定）。

1.2 更新系統

確保系統是最新的，更新系統包：

sudo apt update && sudo apt upgrade -y   # 對于 Ubuntu/Debian
sudo yum update -y                       # 對于 CentOS

1.3 安裝依賴工具

安裝一些必要的工具和庫：

sudo apt install build-essential git wget curl zip python3 python3-pip -y
# 或針對 CentOS
sudo yum groupinstall "Development Tools" -y
sudo yum install git wget curl zip python3 python3-pip -y

2. 安裝 DeepSeek

2.1 克隆 DeepSeek 倉庫

DeepSeek 通常托管在 GitHub 上，使用以下命令克隆倉庫：

git clone https://github.com/Gabaldonlab/deepseek.git
cd deepseek

2.2 安裝 Python 依賴

DeepSeek 的依賴通常由 requirements.txt 文件管理，你可以通過以下命令安裝：

pip3 install -r requirements.txt

如果你的機器上有多個 Python 版本，使用 python3 明確指定：

python3 -m pip install -r requirements.txt

常見依賴問題解決

• 如果某些依賴無法安裝，請確保 pip 是最新版本：
  bash

   

  pip3 install --upgrade pip

• 如果安裝某些庫失敗（如 numpy 或 scipy），可以嘗試先單獨安裝：
  bash

   

  pip3 install numpy scipy

3. 配置 DeepSeek

3.1 配置文件

DeepSeek 通常需要配置文件來指定輸入數據和分析參數。檢查項目目錄中是否有默認配置模板（如 config.yaml 或 config.json），并根據需求編輯。

3.2 測試數據

DeepSeek 通常附帶測試數據，確保工具運行正常：

cd examples
# 查看README文件，檢查如何運行測試
cat README.md

運行測試：

python3 deepseek.py --config examples/test_config.yaml

4. 運行 DeepSeek

運行 DeepSeek 的常見命令格式如下：

python3 deepseek.py --config <配置文件路徑>

• 配置文件路徑：提供的配置文件通常包含輸入文件路徑、工作目錄、分析參數等信息。
• 參數說明：
  • --config：指定配置文件。
  • --output：指定輸出結果目錄。
  • --threads：指定運行時使用的 CPU 線程數（默認使用所有可用線程）。

示例命令：

python3 deepseek.py --config my_config.yaml --output results/ --threads 8

5. 常見問題和解決方案

5.1 Python 版本問題

如果系統默認的 Python 版本較低，可能會導致 DeepSeek 無法運行。解決方法：

• 安裝新版本的 Python：
  bash

   

  sudo apt install python3.8 -y

• 明確指定 Python 3 運行：
  bash

   

  python3.8 -m pip install -r requirements.txt

5.2 權限問題

如果遇到權限不足的問題，可以嘗試以下方法：

sudo chmod -R 755 <DeepSeek目錄>

5.3 依賴安裝失敗

某些依賴可能需要編譯環境，確保你已安裝編譯工具：

sudo apt install build-essential
sudo yum groupinstall "Development Tools"

對于特定依賴（如 pandas 或 biopython），可以單獨安裝：

pip3 install pandas biopython

6. 優化與擴展

6.1 使用虛擬環境

為了避免影響系統的全局 Python 環境，建議使用 virtualenv 或 conda 創建虛擬環境：

# 安裝 virtualenv
pip3 install virtualenv

# 創建虛擬環境
virtualenv deepseek_env

# 激活虛擬環境
source deepseek_env/bin/activate

# 安裝依賴
pip install -r requirements.txt

6.2 高性能運行

1. 多線程支持：
   在運行命令時通過 --threads 參數分配更多的 CPU 資源：

   bash

    

   python3 deepseek.py --config my_config.yaml --threads 16

2. 運行在高性能服務器上：

   • 如果數據量較大，可以考慮部署到高性能計算集群，使用 SLURM 或其他作業調度工具運行。

7. 驗證安裝是否成功

7.1 查看版本信息

運行以下命令查看 DeepSeek 是否安裝成功：

python3 deepseek.py --version

7.2 驗證測試數據

運行附帶的測試數據，并檢查輸出結果是否符合預期。通常結果會被輸出到指定目錄中（如 results/）。

8. 總結

部署 DeepSeek 的步驟可以概括為以下幾點：

1. 準備環境：確保系統滿足硬件和軟件要求，安裝必要工具。
2. 克隆倉庫：從 GitHub 獲取 DeepSeek 的源碼。
3. 安裝依賴：通過 pip 安裝 Python 依賴。
4. 配置和運行：根據需求編輯配置文件，運行 DeepSeek 進行測試和分析。

通過上述步驟，您可以在本地成功部署并運行 DeepSeek，并開始分析高通量測序數據。如有特殊需求，還可以結合虛擬環境和高性能集群進行進一步優化。