今天安裝 hgvs 這個 python 包的時候，遇到幾個比較有代表性的問題，記錄分享一下。

hgvs is a Python package to parse, format, validate, normalize, and map biological sequence variants according to recommendations of the Human Genome Variation Society.

怎么查看 python 未安裝包的依賴

我們知道的pip show hgvs和pipdeptree -p hgvs都只能看到已安裝 Python 包的依賴，但是未安裝的 Python 包依賴目前通過pip應(yīng)該是暫時沒法看的。stackoverflow 上看到一個折中的方法，比較繁瑣。

In [1]: import requests

In [2]: url = 'https://pypi.org/pypi/{}/json'

In [3]: json = requests.get(url.format('hgvs')).json()

In [4]: json['info']['requires_dist']
Out[4]:
['attrs (>=17.4.0)',
 'biocommons.seqrepo (<1.0)',
 'bioutils (<1.0,>=0.4.0)',
 'configparser (>=3.3.0)',
 'ipython',
 'parsley',
 'psycopg2-binary',
 'six']

In [5]: json['info']['requires_python']
Out[5]: ''

除此之外，可以通過 conda 的方式查看（conda search hgvs --info）。

Psycopg requires libpq >= 9.1

hgvs 的安裝依賴于psycopg2-binary，而psycopg2-binary又依賴于psycopg2。

$ pip install psycopg2
Collecting psycopg2
  Downloading psycopg2-2.9.1.tar.gz (379 kB)
     |████████████████████████████████| 379 kB 133 kB/s
Using legacy 'setup.py install' for psycopg2, since package 'wheel' is not installed.
Installing collected packages: psycopg2
    Running setup.py install for psycopg2 ... error
    ERROR: Command errored out with exit status 1:
    ......
    In file included from psycopg/psycopgmodule.c:28:0:
    ./psycopg/psycopg.h:31:2: error: #error "Psycopg requires PostgreSQL client library (libpq) >= 9.1"
     #error "Psycopg requires PostgreSQL client library (libpq) >= 9.1"
     ......

CentOS 6 默認的 PostgreSQL 最高版本為 8.4.18，需要安裝 9.1 以上版本的 postgresql 才可以解決以上出現(xiàn)的 "Psycopg requires PostgreSQL client library (libpq) >= 9.1" 問題。

CentOS/Red Hat 安裝 PostgreSQL

使用yum list postgresql*命令可以看到：

• CentOS 6 默認的 PostgreSQL 最高版本為 8.4.18；

• CentOS 7 默認的 PostgreSQL 最高版本為 9.2.24。

如果需要在 CentOS/Red Hat Enterprise Linux 中安裝 PostgreSQL 9/10 以上版本，需要：

1. 配置 yum 源

該步驟安裝完成后，會在 /etc/yum.repos.d 目錄下生成一個 pgdg-redhat-all.repo，里面為 PostgreSQL 各個版本的源信息。

# Red Hat Enterprise Linux 7 - x86_64
yum install -y https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-7-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm

# CentOS 7 - x86_64
yum install -y https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-7-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm

# Red Hat Enterprise Linux 6 - x86_64
yum install -y https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-6-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm

# CentOS 6 - x86_64
yum install -y https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-6-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm

最新的 yum 源 rpm 包可以在這里找到：

• https://yum.postgresql.org/repopackages/
  

2. 安裝

yum 源安裝完成后，再次執(zhí)行yum list postgresql*命令可以看到 postgresql、postgresql10、postgresql11*、…. 各個版本的 PostgreSQL 列表，選擇需要的版本安裝。

yum install -y postgresql10 postgresql10-devel

yum 的方式安裝的 PostgreSQL10 默認保存在 /usr/pgsql-10 下面；如果是 9.6，則對應(yīng) /usr/pgsql-9.6，以此類推。

3. 初始化與啟動

具體自己去谷歌，或者參考：《Linux 下 PostgreSQL 源碼編譯安裝》。

undefined symbol: PQescapeIdentifier

安裝完 psycopg2 和 hgvs 后，如果 import 過程中出現(xiàn)類似于 _psycopg.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: PQescapeIdentifier 的異常，可以查看一下 _psycopg.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so 的對應(yīng)的動態(tài)庫鏈接 libpq.so 是否正確。

$ ldd /SoftWare/Python-3.7.3/lib/python3.7/site-packages/psycopg2/_psycopg.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff65bff000)
        libpq.so.5 => /usr/lib64/libpq.so.5 (0x00007fbe7bb03000)
        libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007fbe7b8e6000)
        libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007fbe7b551000)
        libssl.so.10 => /usr/lib64/libssl.so.10 (0x00007fbe7b2e5000)
        libcrypto.so.10 => /usr/lib64/libcrypto.so.10 (0x00007fbe7af00000)
        libgssapi_krb5.so.2 => /lib64/libgssapi_krb5.so.2 (0x00007fbe7acbb000)
        libldap_r-2.4.so.2 => /lib64/libldap_r-2.4.so.2 (0x00007fbe7aa67000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003636a00000)
        libkrb5.so.3 => /lib64/libkrb5.so.3 (0x00007fbe7a781000)
        libcom_err.so.2 => /lib64/libcom_err.so.2 (0x00007fbe7a57c000)
        libk5crypto.so.3 => /lib64/libk5crypto.so.3 (0x00007fbe7a350000)
        libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007fbe7a14c000)
        libz.so.1 => /RiboBio/Bioinfo/APPS/R-3.3.2/lib/libz.so.1 (0x00007fbe79f34000)
        libkrb5support.so.0 => /lib64/libkrb5support.so.0 (0x00007fbe79d29000)
        libkeyutils.so.1 => /lib64/libkeyutils.so.1 (0x00007fbe79b26000)
        libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x00007fbe7990b000)
        liblber-2.4.so.2 => /lib64/liblber-2.4.so.2 (0x00007fbe796fc000)
        libssl3.so => /usr/lib64/libssl3.so (0x00007fbe794bf000)
        libsmime3.so => /usr/lib64/libsmime3.so (0x00007fbe79292000)
        libnss3.so => /usr/lib64/libnss3.so (0x00007fbe78f54000)
        libnssutil3.so => /usr/lib64/libnssutil3.so (0x00007fbe78d28000)
        libplds4.so => /lib64/libplds4.so (0x00007fbe78b23000)
        libplc4.so => /lib64/libplc4.so (0x00007fbe7891e000)
        libnspr4.so => /lib64/libnspr4.so (0x00007fbe786e1000)
        libsasl2.so.2 => /usr/lib64/libsasl2.so.2 (0x00007fbe784c6000)
        libselinux.so.1 => /lib64/libselinux.so.1 (0x00007fbe782a7000)
        librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007fbe7809e000)
        libcrypt.so.1 => /lib64/libcrypt.so.1 (0x00007fbe77e67000)
        libfreebl3.so => /lib64/libfreebl3.so (0x00007fbe77bf0000)

正常情況下，/usr/lib64/libpq.so.5 應(yīng)該對應(yīng)于 /usr/pgsql-10/lib/libpq.so.5，如果不是，可以參考下面兩種方法：

1. 通過設(shè)置 LD_LIBRARY_PATH，使其鏈接正確的動態(tài)庫。

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/pgsql-10/lib:$LD_LIBRARY_PAT

2. 先備份重命名 /usr/lib64/libpq.so.5，再把正確的 libpq.so.5 軟連接過去。

$ mv /usr/lib64/libpq.so.5 /usr/lib64/libpq.so.5.old
$ ln -s /usr/pgsql-10/lib/libpq.so.5 /usr/lib64/libpq.so.5

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