nanoAI

本次操作參照github中大佬的的項目：https://github.com/nrbennet/dl_binder_design/tree/main

一、克隆本項目到本地
git clone https://github.com/nrbennet/dl_binder_design.git

1. 里面提到一個很重要的工具--pyrosetta。根據pyrosetta官網（https://www.pyrosetta.org/downloads#h.iwt5ktel05jc） 的提示，現在安裝pyrosetta已經不再需要申請username和password，（非商業版，只需遵循非商業版的license就好了，見：https://github.com/RosettaCommons/rosetta/blob/main/LICENSE.PyRosetta.md）

二、安裝ProteinMPNN

1. cd dl_binder_design/include

2. Run conda env create -f proteinmpnn_fastrelax.yml

3. 激活環境：conda activate proteinmpnn_binder_design

4. 進行測試：python importtests/proteinmpnn_importtest.py
   4.1 此時第一次報錯：ImportError: /home/ken/miniconda3/envs/proteinmpnn_binder_design/lib/python3.11/site-packages/torch/lib/libtorch_cpu.so: undefined symbol: iJIT_NotifyEvent
   原因：torch不匹配。，目前版本2.0.1，
   解決方法：先pip uninstall torch,在執行pip install torch==2.0.1+cpu -f https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html

測試通過：顯示This environment passes all import tests

三、安裝AlphaFold2

1. 創建一個新的虛擬環境：conda env create -f af2_binder_design.yml

2. 激活環境：conda activate af2_binder_design
   注 此時我的安裝實際上出了問題，見創建環境時的報錯：CondaEnvException: Pip failed，后面發現yml文件中國pip里的安裝都沒有成功，于是挨個安裝，用的這個命令conda install XXX ----solver=classic

3. 想著先跳了這步，繼續部署proteinmnpp，結果后面虛擬機內存滿了，GG。