ubantu安裝proteinmnpp和alphafold2 --一些記錄
本次操作參照github中大佬的的項目:https://github.com/nrbennet/dl_binder_design/tree/main
一、克隆本項目到本地
git clone https://github.com/nrbennet/dl_binder_design.git
- 里面提到一個很重要的工具--pyrosetta。根據pyrosetta官網(https://www.pyrosetta.org/downloads#h.iwt5ktel05jc) 的提示,現在安裝pyrosetta已經不再需要申請username和password,(非商業版,只需遵循非商業版的license就好了,見:https://github.com/RosettaCommons/rosetta/blob/main/LICENSE.PyRosetta.md)
二、安裝ProteinMPNN
-
cd dl_binder_design/include -
Run
conda env create -f proteinmpnn_fastrelax.yml -
激活環境:
conda activate proteinmpnn_binder_design -
進行測試:
python importtests/proteinmpnn_importtest.py
4.1 此時第一次報錯:ImportError: /home/ken/miniconda3/envs/proteinmpnn_binder_design/lib/python3.11/site-packages/torch/lib/libtorch_cpu.so: undefined symbol: iJIT_NotifyEvent
原因:torch不匹配。,目前版本2.0.1,
解決方法:先pip uninstall torch,在執行pip install torch==2.0.1+cpu -f https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html
測試通過:顯示This environment passes all import tests
三、安裝AlphaFold2
-
創建一個新的虛擬環境:
conda env create -f af2_binder_design.yml -
激活環境:
conda activate af2_binder_design
注 此時我的安裝實際上出了問題,見創建環境時的報錯:CondaEnvException: Pip failed,后面發現yml文件中國pip里的安裝都沒有成功,于是挨個安裝,用的這個命令conda install XXX ----solver=classic -
想著先跳了這步,繼續部署proteinmnpp,結果后面虛擬機內存滿了,GG。

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