開源地址

https://github.com/miso-lims/miso-lims
github加速可使用：https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-lims

項目簡介

適用于NGS基因測序醫院檢驗實驗室，當前大量的新冠核酸檢測機構，倒是可以試一試。
開源協議是GPL3.0。
MISO是Managing Information for Sequencing Operations的縮寫，是適用于基因測試實驗室的LIMS。
由 Earlham Institute 和 Ontario Institute for Cancer Research發布。
Earlham Institute 2010年開發，然后開源，然后OICR選擇其作為自己的LIMS，并參與到開發團隊中，系統提供的DEMO等也是基于OICR LIMS項目。

技術架構

后端服務使用Java，Groovy（使用JVM虛擬機的動態語言，項目中用于公式腳本的編寫等配置性功能的實現）。
使用spring，并沒有使用springboot，部署war包可使用Tomcat 8等中間件部署。（Tomcat8以上版本的兼容性需要測試驗證調整）
前端使用js\css，未使用vue、react等現代前端技術。
數據庫使用mysql 5.7及以上。(5.7以上版本的兼容性需要測試驗證調整）

安裝部署

可以使用docker部署，或使用傳統的Tomcat中間件部署。
docker鏡像下載地址：https://hub.docker.com/u/misolims
war包下載地址：https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-lims/releases
嘗鮮可先下載官方docker鏡像跑個容器看看，深入學習還是要下載war包并部署，最終如果部署自己的環境，可打war包或做docker鏡像。
安裝、編譯向導：https://miso-lims.readthedocs.io/projects/docs/en/latest/admin/installation-guide/

系統概述

兩個功能模式：Plain sample mode （簡單樣品模式） 和Detailed sample mode（詳細樣品模式），detailed模式包含了plain模式。
默認賬號信息：admin\admin。
簡單樣品模式用戶手冊：https://miso-lims.github.io/walkthroughs/index-plain
詳細樣品模式用戶手冊：https://miso-lims.github.io/walkthroughs/
demo演示、學習（按習慣稱作miso學院\味噌學院）：https://github.com/miso-lims/walkthroughs
https://oicr.on.ca/該癌癥研究機構為學習案例，培訓資料（training workshop）鏈接地址：
https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-training-external。

開發或用戶可加入討論組（當然得英文討論），https://gitter.im/miso-lims/community

關鍵組件

儀器數據采集（儀器報告文件數據采集）

https://github.com/miso-lims/runscanner
https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/runscanner
同多數lims系統解決方案一致，部分儀器（例如Illumina、PACBIO、OXFORDNANOPORE）的數據采集方式是通過采集儀器輸出的數據報告文件，然后解析其中的內容，間接達到采集儀器數據的目的。
使用JDK11和Tomcat8、9，jsoncpp和c++。
該儀器數據采集服務做得很完善，不同于其他lims組件或一個Windows服務、簡單應用程序，其實現為一個web系統，做數據文件的采集、解析，以及過程的監控。
監控使用 Prometheus，現在服務器、數據庫等的監控使用 Prometheus很不錯。

賽默飛VisionMate讀碼器TCP/IP接口訪問

https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/visionmate-client
賽默飛的VisionMate高速讀碼器的TCP/IP客戶端，Java實現。