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開發人員編寫的受控代碼在被編譯成MSIL之后，在運行時會被再編譯為原生代碼。有兩種方式可以完成這個目標，一種是在運行期逐一編譯Methods的MSIL代碼，另一種是在裝配件被運行前整批的全部編譯為原生代碼。

將MSIL編譯為原生代碼的一個最常見的辦法，就是先讓CLR裝在裝配件，然后在每個Method第一次被調用時編譯之。由于每個Method都只在第一次被調用時才被編譯，所以我們稱之為即時編譯（JIT）。每一個Methods在第一次調用被編譯之后便會被緩存起來，這樣后面再次調用的時候便無須再編譯。

當一個Method被編譯時，同時也被檢查型別安全，這個過程被稱為驗證（verification），檢查范圍包括method的MSIL和metadata，以確保代碼沒有做非法訪問。CLR內建安全功能”即依賴這個驗證過程，它也被用于檢驗受控代碼行為的其他方面。