多重匹配

alfalfa expression atlas data · Issue #128 · legumeinfo/datastore-issues

解決這個物種表達過低的問題

紫花苜蓿基因索引 1.2：用于研究紫花苜蓿亞種之間表達差異的網絡可訪問基因表達圖譜 |BMC 基因組學 |全文

數據

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA276155?show%20=%20%20reads

方法：

使用 FastQC v0.11.9 ( http://bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc )評估 RNA-Seq 數據質量，并使用 fastp v0.12.4 [ 39 ]過濾低質量序列。然后，使用 hisat2 v4.8.2 [ 40 ]將干凈讀段映射到苜蓿參考基因組上，并使用 Samtools 將 SAM 文件轉換為 BAM 文件，然后使用默認參數對 BAM 文件進行排序 [ 41 ]。使用 FeatureCounts v2.0.1 為每個樣本生成讀段計數

https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9552516/

https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4492073/#Sec14