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2025年9月12日
宏轉錄組分析流程的搭建
摘要: 準備在工作站搭建一個宏轉錄組的分析流程了~先占個坑
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posted @ 2025-09-12 21:52 YuinginYu
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2025年5月23日
Ubuntu系統下jupyterlab的R核腳本技巧
摘要: 1、必做:在終端中運行下面命令,安裝編譯 R 包常用的依賴: sudo apt updatesudo apt install -y \ libcurl4-openssl-dev \ libssl-dev \ libxml2-dev \ libnlopt-dev \ libgsl-dev \ buil
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posted @ 2025-05-23 22:33 YuinginYu
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2023年4月6日
杭州CDC測序實驗室教程
摘要: 非常棒的教程~https://indexofire.github.io/pathongs/book/main/ PulseNet(病原菌分子分型監測網絡)是美國CDC于1998年5月由副總統在白宮宣布成立的,這個網絡是利用標準化的細菌實驗室分子分型技術、通過分布各地的網絡實驗室的實際檢測和監測,建立
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posted @ 2023-04-06 23:22 YuinginYu
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2023年3月30日
jupyterlab的后臺使用
摘要: 打開終端并進入需要運行 JupyterLab 的目錄。 輸入 nohup jupyter lab & 命令并按下回車鍵,這將在后臺運行 JupyterLab,并將輸出信息寫入到 nohup.out 文件中。 在使用 nohup 命令啟動 JupyterLab 后,用戶需要自己管理 JupyterLa
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posted @ 2023-03-30 23:08 YuinginYu
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jupyterlab的配置和使用
摘要: 1.先把網址甩上來~jupyterlab超大手冊https://jupyterlab.readthedocs.io/en/stable/getting_started/installation.html 2.jupter是iPython內核的,想用r,得加個r內核: 先在ubuntu里裝個R,怎么裝
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posted @ 2023-03-30 19:11 YuinginYu
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github的使用
摘要: 先來一點超級教程吧:https://www.liaoxuefeng.com/wiki/896043488029600 讓chatgpt來怒答一下~ 1. 云服務器連接到github 在新服務器上安裝Git (騰訊云安裝了): sudo apt-get update sudo apt-get inst
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posted @ 2023-03-30 13:18 YuinginYu
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N久之后重用騰訊云服務器
摘要: 1. 某寶騰訊云服務器公測版一年425大洋,4核8g+180g的ubuntu 22.04版本,足夠用了。 2.不用換下載源,灰常方便。 3.騰訊云官網設置了ssh登錄,私鑰保存到本地(.pem)。在mobaxterm上登陸ssh,advance導入私鑰即可,不用記密碼,方便。 4.更新先: sudo
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posted @ 2023-03-30 12:14 YuinginYu
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2021年4月19日
galaxy circos(四)ENCODE Nature Cover
摘要: 這一篇范例呢,比較簡單,直接來看circos plot這條記錄。 一.Karyotype 選擇的是2號文件,一共24條染色體: 2D Data Tracks,Link Tracks,Ideogram,ticks都沒有設置,在General板塊,將圖片的背景色設置為黑色。 二.重點就是Hightlig
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posted @ 2021-04-19 20:51 YuinginYu
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galaxy circos(三)Multi-plot
摘要: 這里我們要用galaxy plot畫多個圖; 可以看到有103條記錄,其中多條記錄都沒有顯示,可以點擊右上角的設置圖標,選擇”取消隱藏的數據集“,就可以看到其他記錄了。 從第1條記錄Karyotype.txt中我們可以看到我們一共要畫24條染色體,這次我們不將它們統一并列放在最外圈,而是一個染色體做
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posted @ 2021-04-19 20:02 YuinginYu
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galaxy circos(二)Cancer Genomics & Chromothripsis
摘要: 今天來記錄galaxy circos給出的第二個例子:Cancer Genomics & Chromothripsis。跟之前一樣,先搜索,導入歷史。 可以看到,這個范例中一共有20條記錄,找到第20條記錄Circos Plot,點擊重新運行當前任務。 一.Karyotype 看一下5號文件Kary
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posted @ 2021-04-19 17:30 YuinginYu
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